Programmet inrättades av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse i nära samarbete med fem kungliga akademier och 16 svenska universitet 2012. Universiteten nominerar forskare till programmet, akademierna utvärderar kandidaterna och presenterar de mest lovande forskarna för Stiftelsen, som sedan gör det slutliga urvalet. Därefter tar universiteten ett långsiktigt ansvar för de utvalda forskarnas verksamhet.
Anslaget som följer med utnämningen Wallenberg Academy Fellow uppgår till totalt mellan 5 och 7,5 miljoner kronor per forskare under fem år. Efter den första periodens slut kommer forskarna att ha möjlighet att söka stöd till ytterligare fem års finansiering.
Under 2019 har 29 nya Wallenberg Academy Fellows utsetts. Sedan programmet startade 2012 har totalt 203 unga forskare utsetts till Wallenberg Academy Fellows.
