Stiftelsens dagliga verksamhet leds av den verkställande ledamoten som även ansvarar för vetenskaplig beredning och bedömning av ansökningar. För det senare arbetet anlitas även en rad externa experter. Styrelsen beslutar vilka ansökningar som beviljas.
Kapitalförvaltningen har delegerats till en Investeringskommitté.

Styrelsen

Peter Wallenberg Jr

Ordförande

Marcus Wallenberg

Vice ordförande

Göran Sandberg

Verkställande ledamot

Caroline Ankarcrona

Ledamot

Kåre Bremer

Ledamot utsedd av Huvudmannarådet

Pam Fredman

Ledamot

Michael Treschow

Ledamot

Jacob Wallenberg

Ledamot

Huvudmannaråd

Huvudmannarådet ges möjlighet att följa Stiftelsens verksamhet samt inkomma med önskningar och förslag som kan underlätta samordning mellan Stiftelsens verksamhet och svensk vetenskaplig forskning och utbildning.

I Huvudmannarådet ingår:
Svenska Akademien, Kungl. Vetenskapsakademien, Kungl. Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien, Kungl. Skogs- och Lantbruksakademien, Kungl. Ingenjörsvetenskapsakademien, universiteten i Uppsala, Lund, Göteborg, Stockholm, Umeå, Luleå och Linköping samt Sveriges lantbruksuniversitet, Karolinska Institutet, KTH, Chalmers tekniska högskola, Handelshögskolan i Stockholm.

Huvudmannarådet utser en styrelseledamot samt Stiftelsens revisor.