Stiftelsens dagliga verksamhet leds av den verkställande ledamoten som även ansvarar för vetenskaplig beredning och bedömning av ansökningar. För det senare arbetet anlitas även en rad externa experter. Styrelsen beslutar vilka ansökningar som beviljas.
Styrelsen
Stiftelsens styrelse har det yttersta ansvaret för förvaltningen vilket innefattar utdelning av anslag
Styrelsen
Peter Wallenberg Jr
Ordförande
Marcus Wallenberg
Vice ordförande
Sara Mazur
Verkställande ledamot
Caroline Ankarcrona
Ledamot
Pam Fredman
Ledamot utsedd av Huvudmannarådet
Leif Johansson
Ledamot
Göran Sandberg
Ledamot
Jacob Wallenberg
Ledamot
Stéphanie Gandet
Ledamot
Adjungerade
Carl Jan Risberg
Adjungerad
Huvudmannaråd
Huvudmannarådet ges möjlighet att följa Stiftelsens verksamhet samt inkomma med önskningar och förslag som kan underlätta samordning mellan Stiftelsens verksamhet och svensk vetenskaplig forskning och utbildning.
I Huvudmannarådet ingår:
Svenska Akademien, Kungl. Vetenskapsakademien, Kungl. Vitterhets Historie och Antikvitets Akademien, Kungl. Skogs- och Lantbruksakademien, Kungl. Ingenjörsvetenskapsakademien, universiteten i Uppsala, Lund, Göteborg, Stockholm, Umeå, Luleå och Linköping samt Sveriges lantbruksuniversitet, Karolinska Institutet, KTH, Chalmers tekniska högskola, Handelshögskolan i Stockholm.
Huvudmannarådet utser en styrelseledamot samt Stiftelsens revisor.