Programmet inrättades av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse i nära samarbete med fem kungliga akademier och 16 svenska universitet 2012. Universiteten nominerar forskare till programmet, akademierna utvärderar kandidaterna och presenterar de mest lovande forskarna för Stiftelsen, som sedan gör det slutliga urvalet. Därefter tar universiteten ett långsiktigt ansvar för de utvalda forskarnas verksamhet.
I och med årets kull på 31 forskare har totalt 261 unga forskare, varav 46 procent kvinnor, utsetts till Wallenberg Academy Fellows.