Programmet inrättades av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse i nära samarbete med fem kungliga akademier och 16 svenska universitet 2012. Universiteten nominerar forskare till programmet, akademierna utvärderar kandidaterna och presenterar de mest lovande forskarna för Stiftelsen, som sedan gör det slutliga urvalet. Därefter tar universiteten ett långsiktigt ansvar för de utvalda forskarnas verksamhet.
I och med årets kull på 27 forskare har totalt 288 unga forskare utsetts till Wallenberg Academy Fellows.